لقد اهتم الامام الراحل، السيد أبو القاسم الموسوي الخوئي (رضوان الله تعالى عليه)، في المراحل الاولى لإنشاء المؤسسة، بوضع صمامات أمان شرعية للمحافظة على انجازها وضمان استمراريتها في خدمة المسلمين بعد رحيله الى الرفيق الاعلى، ولهذا وضع الإمام الراحل نظاما أساسيا (دستور) لعمل المؤسسة.

يكون متولي أوقاف سماحة الإمام في الكويت، حسب الوقفية المدونة والمنصوص عليه من قبل الواقف، هو الأمين العام لهذه المؤسسة دوماً وبصورة تلقائية. يعتبر الأمين العام هو المسؤول الأول في المؤسسة وعليه تنظيم خطة عمل المؤسسة وتمثيلها في كافة الميادين. وتعتبر القرارات والتعليمات التي يصدرها الأمين العام لازمة الإجراء في جميع الفروع والمراكز، والمؤسسات التابعة للمؤسسة.

وبعد العمل المضني في فترة التأسيس والذي أشرف عليه سماحة الشهيد السيد محمد تقي الخوئي، لم تتوقف مسيرة المؤسسة بعد اغتياله بل تابعت خطواتها بحزم عبر سماحة الشهيد السيد عبد المجيد الخوئي الذي انتقل بالمؤسسة إلى مراحل متقدمة من العمل المؤسساتي إلا أن المشيئة الإلهية اختارته إلى جوارها حيث استشهد هو الآخر بيد آثمة لم تراع حرمة لمقام ولا لقداسة مكان لتنتقل بعده الأمانة بمسؤوليتها الثقيلة إلى من يتولى الأمانة العامة حالياً سماحة حجة الإسلام والمسلمين السيد عبد الصاحب الخوئي (حفظه الله) ويتولى الإشراف الدقيق والمتابعة الميدانية على المؤسسة وذلك تحت اشراف المرجع الأعلى صاحب الصلاحية من خلال قانون تأسيس المؤسسة وهو الآن ممثلاً بسماحة آية الله العظمى السيد علي الحسيني السيستاني (دام ظله)، وتدعمه بذلك هيئة مركزية من وجوه المذهب ومن جنسيات مختلفة ما أمكنه أن ينهض بالمسؤولية في ظروف صعبة وأوضاع شديدة التعقيد وتمكن ليس فقط أن يحافظ على وجود المؤسسة بل ودفعه بخطوات جديدة إلى الأمام وذلك بمعاونة فريق عمل يجمع بين حكمة الكبار وحماس الشباب وله خبراته الواسعة.